Die Präferenzmatrix ist ein Verfahren zur Zielgewichtung. Hierbei wird jedes Ziel mit jedem anderen verglichen. So ermittelt man die Ziele, die im jeweiligen Paarvergleich präferiert (bevorzugt) werden. Je häufiger ein Ziel im direkten Vergleich bevorzugt wird, desto wichtiger ist es relativ zu den anderen Zielen. Dieser Rangfolge entsprechend werden Gewichtspunkte (z. B. 100 Punkte entsprechend zur prozentualen Rangordnung) verteilt.